Les récifs coralliens malgaches font partie des plus beaux cites de plongée. Sur la Côte Ouest, la deuxième plus grande barrière de corail au monde forme entre Itampolo et Morombe un immense lagon de plusieurs centaines de kilomètres de long. Des îlots coralliens et des récifs frangeants se trouvent également à Belo sur Mer, aux îles Barren en face de Maintirano, dans la Baie de Baly, et bien sûr dans l’archipel de Nosy Be où des spots de plongée comme Corail Noir,  la Grotte, le Banc du Chameau, et autre Greg Wall aux Iles Radama  sont répertoriés par les connaisseurs. Sur la côte orientale les récifs sont moins nombreux et se limite à des endroits comme Foulpointe, la presqu’île Masoala, et surtout Sainte-Marie sur ses deux façades et autour de ses îlots. Au-delà des récifs, les plongeurs avertis peuvent être attirés par les requins à pointe blanche et noire rarement agressifs, ou encore par les dauphins. Madagascar est enfin l’un des seuls endroits au monde où il est fréquent de rencontrer des requins baleines totalement inoffensifs.